Náklady na činnost ČSE (administrace, konference, valná shromáždění, semináře atd.) jsou hrazeny z těchto zdrojů:
- členské příspěvky individuálních členů
- příspěvky kolektivních členů
- dotace od institucí grantového a nadačního rázu (v posledních letech zejména Rada vědeckých společností, Nadace CERGE-EI, Česká národní banka)